Hala ere, munduari bira eman ondoren Victoria ontzia hondasunez gainezka ekarri zuten (8,5 milioi maravedi) eta hiru urte geroago Elkanok beste bidaldi batean inbertitu zituen irabaziak. 1525an García Jofre de Loaisa komandante eta Elkano ontzizain nagusi zituen espedizioa A Coruñatik Moluka uharteetara bidean abiatu zen; Elkanoren hiru anaia, koinatua eta hainbat lagun ere eskifaiako kide ziren. Juan Sebastianen ama alarguna, Katalina del Puerto, eta familiako gainerako kideak lehorrean geratu ziren, bakarrik eta txirotuta. Garaiko kroniken arabera “behar eta neke larrian” zeuden. Familiako hondasunak armadari saldu zizkion aurrera egin ahal izateko, eta  zer saldu ere izan ez zuenean, koroarengana jo zuen hark semeari agindutakoa kobratu asmoz.

Katalinaren auzia burokraziaren armiarma sareankorapilatuta geratu zen; Elkanoren heriotza egiaztatu arte errege altxortegiak ezin omen zion dirurik eman. Juan Sebastian Elkano 1526ko abuztuaren 4an hil zen Moluketan, eskorbutoak jota, urte batzuk lehenago hotsandira eraman zuen Victoria ontzian. Baina espedizio hartatik bizirik irten ziren gizon apurrak ez ziren Lisboara iritsi beste 10 urte pasa arte. Horrenbestez, Elkanoren testamentua 1536an iritsi zen Valladolideko gortera, Andres Urdanetaren eskutik. Ordurako koroak 7.000 dukat (edo ia 2,5 marabedi) zor zizkien Elkanoren oinordekoei. Hainbat iturriren arabera, elkanotarrak urtean 150.000 marabedi  (agindutakoa baino gutxiago) jasotzen hasiko zirela erabaki omen zuen altxortegiak, baina pentsio murriztu hura ere sekula jaso izana frogatzen duen dokumenturik ez dago.

Hala, munduari bira ematen lehena izatearen ordainetan,  Elkano familia alargunez eta umezurtzez bete, txirotu eta desegin egin zen.