Baionako harresien barruan bizitzea debekatua zutenez, Santispiritu auzoan kokatu ziren.  Eta 1689an hilerria ireki zuten. Egun hilerriak 2 hektarea eta ia 4.000 hilobi ditu; Europako bigarren handiena, Amsterdamekoaren ondoren. Hilobi zaharrenak guztiak tamaina berekoak dira eta inskripzioak gaztelaniaz. XIX. mendean aberatsenak hilobi handiagoak egiten hasi ziren eta bi zatien arteko aldea nabarmen ikusten da. Gainera orduan, Frantziako Iraultzatik aurrera, hasi ziren inskripzioak frantsesez egiten.

Bidaxunen eta Bastidan ere badira juduen hilerriak, baina itxita daude; Baionakoa da inguruan irekita dagoen bakarra, oraindik ere juduak bertan ehorzten diren bakarra.