Con todo, o caso tivo unha segunda volta co recurso interposto pola familia do ditador ante o Xulgado do Contencioso de Madrid. A familia alegou que os labores de exhumación debían ser coidadosamente executadas e que o Goberno non tiña licenza de obras do Concello de San Lorenzo dEl Escorial e, por tanto, víanse seriamente ameazados para destruír as obras.

A pesar da autorización municipal, o xuíz José Yusty Bastarrechea non autorizou o inicio das obras, en base ao informe presentado polo Ministerio de Medio Ambiente da Fundación Francisco Franco. Agora, o Tribunal Supremo díxolle que levante as trabas que puxo, porque esa tarefa "non é complexa" e ademais, o Goberno español non necesita autorización municipal para levar a cabo unha obra. “Hai que levantar unha laxa, sacar os restos e restaurar o pavimento orixinal, levando así a terra da basílica ao seu estado anterior a 1975”, dixeron os maxistrados do alto tribunal.

Trátase dunha das moitas trabas xudiciais que a familia Franco e a súa contorna puxeron nos últimos días, pero tras ser rexeitados polo Supremo, pénsase que o Goberno español iniciará dun lado a outro a obra de exhumación dos restos de Franco.