Udalbiltza alderdi abertzaleetako 1.778 hautetsik sortu zuten 1999ko irailaren 18an, Bilboko Euskaldunan egindako bilkuran. Lehen erakunde nazional gisa aurkeztu zuten, eta bere helburuen artean lehena zen “Euskal Herria nazioa dela aldarrikatzea”. Lizarra-Garaziko bake prozesuak porrot egin zuenean barne liskarrak sortu ziren. Pixkanaka bi sektore nagusiak banatzen joan ziren, eta azkenerako praktikan bi Udalbiltza sortu ziren: EA eta EAJren hautetsiak gehiengo ziren Udalbiltza –Udalbiden bildua–, eta EHren hautetsiak gehiengo ziren Udalbiltza –AB eta independenteak han zeuden–. Batak zein besteak aldarrikatu zuen erakundearen ordezkaritza.

EHko hautetsiek gidatutako Udalbiltzak biltzar berezia antolatu zuen Donostiako Kursaalen 2001eko otsailaren 24an, eta bertatik ateratako ekintza-egitasmoari heldu zion, erakundea indar handiz berraktibatuz eta ekimen ugari burutuz esparru desberdinetan: Euskal Nortasun Agiria edota Euskal Herriaren Eskubideen Karta, Zuberoa Garatzen…

2003an Garzónen operazioa gertatu zenean, bi Udalbiltzetako ordezkariak berriz bildu ziren, harremanak sendotzeko asmoarekin. Dena den, Udalbiltza bakarraren ideia behin baino gehiagotan plazaratu den arren, bi erakunde bereizi gisa funtzionatzen dute oraindik.