Oier Lakuntza
Zientzia mundutik at dabilen jendearentzat, sarritan zientzia baino mito itxura handiagoa dute zientziari buruz entzuten diren kontu askok. Blog honetan, gaurkotasuneko gaietatik abiatuta, zientzia gaiak hobeto ulertzeko argibideak eskainiko dira, ahalik eta modurik xumeenean. Halaber, zientziak gordetzen dituen zenbait bitxikeriarentzat, eta beste blog nahiz aldizkarietan jorratzen diren zientzia artikuluei buruzko hausnarketa eta gogoetetarako ere tartea egongo da.
Azken bidalketak
Iruzkin berriak
- Epigenetika: geneak ez dira dena | EIBZko liburutegia(e)k Epigenetika: geneak ez dira dena bidalketan
- Negutegi efektuaz | EIBZko liburutegia(e)k Negutegi efektuaz bidalketan
- Oier Lakunza(e)k Nanoteknologia bidalketan
- Iñaki Suinaga(e)k Nanoteknologia bidalketan
- Nanoteknologia | EIBZko liburutegia(e)k Nanoteknologia bidalketan
Informatika lagun
Atalak: Gaurkotasunekoak
Gaurko sarrerarako gaia aukeratzeko garaian, zalantza haundiak izan ditut. Izan ere, gaur egungo ikerketa asko eta asko egiteko ezinbesteko lantresna den ordenagailuen munduari begira jartzea pentsatu dut, baina badakit ni ez naizela informatikaz hitzegiteko pertsonarik aproposena. Edonola ere, bere lanean ordenagailua erabiltzen duen zientzia munduan dabilen norbaiten paperetik idatziko dut, xehetasunetan sartu gabe, ikuspegi orokor bat emanez.
Zalantzarik gabe, informatikaren garapena ezinbesteko sostengua izan da zientziaren garapenarentzat. Izan ere, garai batean informazioa gordetzeko eta eragiketa jakin batzuk egiteko erabiltzen zena, gaur egun hainbat zientzia adarren oinarri nagusia bilakatu da. Disziplina horien adibide bat aipatze aldera, kimika teorikoa aipa dezakegu.
Funtsean, gaur egun hainbat zientzia teoriko garatu dira. Hau da, ikerketak behaketa esperimentaletatik abiatuta egin beharrean, sistemen osagaiek, kimikaren kasuan elektroi eta nukleoek, betetzen dituzten printzipio eta legeetatik abiatuta egiten dituztenak. Lege eta printzipio horiek ordea, kasu askotan soluzio zehatzik ez duten ekuazio gisa jasotzen dira, maila ezberdinetako hurbilketa metodoak erabili behar izaten dira. Berauetan, askotan iterazio bidez ebazten dira ekuazioak, hau da, aldagai batentzat hasierako balio bat hartzen da eta bukaeran beste bat lortzen da, prozedura bi balioen arteko aldea baztergarria den arte errepikatuz. Hau ordea, pentsaezina litzateke eskuz egitea, era honetako kalkulu txiki batek, eragiketa luzeak eskatzen baititu. Horregatik nioen informatikaren garapenak zientzia adar askoren garapena ahalbidetu duela.
Baina kontua ez da kalkuluak egite hutsean geratzen. Izan ere, kalkulu bat egin ostean bere emaitzak aztertu behar dira. Ideia bat egite aldera, kimika teorikoan, lau ordu inguru irauten dituen kalkulu baten output-ak 700 orri baino gehiago izan ditzake, eta bertatik interesatzen zaigun informazioa jaso behar izaten da. Eta noski, lana ez da kalkulu bakar batera mugatzen! Beraz, pentsa nolako lana izango genukeen kalkulu horietako output-ak banan bana begiratzen hasiko bagina.
Hain zuzen ere, horretan datza informatikaren garapenak ekarri digun beste aukeretako bat. Alegia, programa txikiak sortuz, lan guzti hori neurri batean edo bestean automatiza liteke. Hau Linux-eko bash, awk edo bestelako lengoaietan idatzitako script-en bidez egin liteke. Hala, kalkuluen eragiketa matematiko guztiak ezezik, beren aurreko nahiz osteko lana ere asko errazten da.
Esate baterako, ni orain metalen eta ligando ezberdinen (atomo gutxi batzuz osaturiko sistemak) arteko elkarrekintzak kalkulatzeko prozedura baten inguruan ari naiz lanean. Elkarrekintza energía hori kalkulatzeko, beharrezkoa da metal eta ligandoz osaturiko sistemak izango zukeen egitura (geometría) optimizatzea (energía minimoa izatea). Hori programa baten bidez egiten da, baina aipaturiko optimizazio hori burutzeko, hasierako egitura bat eman behar zaio programari abiapuntu gisa har dezan. Eta noski, hau ez da metal eta ligando bakar batekin egiten! Hala, 20 metalen eta 20 ligandoren arteko elkarrekintza guztiak kalkulatu nahi baditugu, guztira 400 egitura ezberdin izango ditugu. Bada, 400 egitura horien hasierako abiapuntua banan bana prestatuko bagenu, lan eskerga izango litzateke. Script batekin ordea, posible da 20 metalen eta 20 ligandoen geometriak pasa, eta script-ak beren arteko konbinazio guztien hasierako egiturak prestatzea, kalkuluak egiteko programari pasatu, eta honek hasierako egitura horiek optimizatu ditzan.
Sarritan gainera, kalkuluek arrazoi bategatik edo besteagatik kale egiten dute, eta beharrezkoa da izan duten arazoaren araberako konponbide bat aurkitzea. Kasu honetan ere, posible da programa txiki bat sortu (script-a) eta lan hori eramangarriagoa bihurtzea.
Ba hauxe da guztia gaurkoz, hurrengoan gehiago!