Aita santuaren ejertzitoen buru izatea lortu zuenean, Estatu Pontifizioetako jaun independenteen aurkako erasoei ekin zien. Neurri gabeko handinahiaren eta eskrupulurik gabeko politikaren sinbolo, garaikideek “giza-odolaren egarri” zela esan zuten. Odola isurtzeko erreparorik ez zuen, baina Cesar Borgiaren helburua Vatikanoaren inguruan estatu zabala eta indartsua sortzea zen. Eta ez zuen lortu.
1503an Errege Katolikoek Napoli mendean hartzea erdietsi zuten, Gonzalo Fernandez de Cordobak armada frantziarraren aurka lortutako garaipenari esker. Abuztuan Cesarren aita hil zen eta bere lekua Julio II.ak hartu zuen. Aita santu berria Della Robere sendikoa zen, borgiatarren etsairik gogorrenetakoa. Cesar Borgia atxilotu zuen berehala, eta Fernandez de Cordobaren esku utzi, gero Gaztelan epaitu zezaten.
1504ko abuztuaren 20an Erroma betiko utzi zuen eta arbasoen lurraldera eraman zuten, Valentziara. Chinchillara (Albacete) eraman zuten gero, eta handik Motako gaztelura (Medina del Campo, Valladolid). 1506ko urrian gaztelutik ihes egitea lortu zuen eta Nafarroara joan zen babes bila. Juan Albret koinatua zen Nafarroako errege eta Cesar Borgia armadako buru izendatu zuen.
1507ko martxoan Cesarrek Viana setiatu zuen, Albreten etsai nagusiei aurre egiteko. Viana zen beaumondarren indar-gune nagusia. Eta Viana izan zen Cesar Borgiaren indar falta agerian utzi zuena. Makiaveloren ‘printzea’, urte batzuk lehenago boterearen paradigma izan zena, bakarrik, ahul hil zen.
Heriotzaren bosgarren mendeurrena ospatzeko Nafarroako Gobernuak hainbat ekitaldi antolatuko ditu aurten. Besteak beste, ibilbide turistiko bat prestatu dute; Cesar Borgiaren Bidea, hil zuten tokiraino iristen da.